Era el Clausura 2006, Chivas estaba mermado por las bajas (6 en total) por selección nacional que ya estaba preparándose para jugar el mundial de Alemania en 2006, estaba en la liguilla y además estaba jugando los octavos de final de la Copa Libertadores, esa misma semana donde jugaba los cuartos de final de la liguilla, el Rebaño inició la semana jugando el partido de vuelta en Colombia frente al Independiente de Santa Fé en la Libertadores, logrando avanzar a los cuartos de final del torneo sudamericano. Dos días después tendría que jugar en la ida de los cuartos de final de la liguilla en el Estadio Jalisco frente a los Jaguares de Chiapas que cerraron como segundo de la tabla general.
El entonces DT del Rebaño, el Chepo de la Torre decidió ante el poco descanso, jugar con un equipo con muchas novedades, con varios jugadores de Chivas Coras (que en aquel entonces era la filial del Guadalajara) con jugadores con muy poco rodaje en Primera División como el ‘Gaucho’ Ávila, Jorge Barrera, Antonio Patlán, etc., apuntalados con otros jugadores regulares del primer equipo como Manuel Sol y el ‘Venado’ Medina junto con otros ya en el olvido como el ‘Jerry’ Estrada o el ‘Pirata’ Castro, el equipo dio un gran esfuerzo pero acabó sucumbiendo por 3-2 tras un grosero error de Alfredo Talavera prácticamente en el último minuto.
En la vuelta en Tuxtla Gutiérrez (una sede que ya se caracterizaba por ser particularmente difícil para Chivas), el Chepo esta vez echó mano del mejor equipo disponible, pero decidió cambiar de portero, Alfredo Talavera quien en aquel entonces cargaba con el estigma de ser un portero suplente que constantemente se equivocaba, fue mandado a la banca para darle la oportunidad al tercer arquero del equipo, Luis Ernesto Michel para ser el titular en la vuelta. Chivas buscó la proeza con Michel en el arco, Diego Martínez, Héctor Reynoso, Johnny García, Antonio Patlán, Omar Esparza, Héctor Castro, Manuel Sol, Alberto Medina, Sergio Ávila y Edwin Borboa. La cosa no empezó nada bien ya que prácticamente en la primera jugada del partido, los locales anotaron con un golazo de Walter ‘Lorito’ Jiménez. Chivas ya iba abajo 4-2 en el global.
Necesitando 3 goles más, Chivas se lanzó con todo al ataque mientras que los chiapanecos se parecieron relajar, ellos estaban relativamente completos y nosotros con un equipo parchado, jugando de visita bajo un calor de 40 grados centígrados estábamos lejos de la proeza. Chivas no se rindió y Edwin Borboa tras quebrarle la cintura a Melvin Brown, puso a Chivas en el marcador con un muy buen gol, y parecía haber esperanza cuando Diego Martínez unos minutos después recibió un balón de Borboa y definió por entre las piernas del hoy tristemente recordado criminal, el ‘Gato’ Ortiz para el 2-1, 4-4 en el global. Chivas ahora estaba a un gol de la ansiada clasificación, ya que en aquel entonces el empate global le daba el pase automático al mejor posicionado en la tabla general.
El segundo tiempo sin embargo nos depararía una desagradable sorpresa, ya que el árbitro Manuel Glower pitó un penal muy dudoso de Luis Michel sobre Salvador Cabañas que el mismo paraguayo convertiría por gol para poner de nuevo a los chiapanecos arriba en el global, 5-4. Chivas necesitaba de nuevo dos goles y metió al ‘Bofo’ Bautista y Sergio Santana para buscar los goles, el Bofo fue derribado en el área para conseguir un penal a 8 minutos del penal, el mismo Bofo aprovechó para anotar y así, empatar el global pero aún necesitando un gol para avanzar. Chivas tendría mas problemas ya que el Bofo perdió la cabeza y agredió al defensor jaguar Ismael Fuentes siendo expulsado y dejando a Chivas con 10, buscando un gol con poco tiempo en el reloj. Pero Chivas encontró el ansiado gol, con un centro de Magallón a la desesperada y Johnny García remató casi a la altura del manchón de penalti mandando su cabezazo al rincón donde no llegó Ortiz, decretando el pase de Chivas a semifinales dejando atónito a todo Chiapas (y el gobernador incluido) y logrando la improbable victoria rojiblanca justo a un día de cumplir sus primeros 100 años de vida. El Milagro del Centenario se había consumado.